Fenin se organiza según una doble estructura: la funcional u orgánica y la territorial.
La estructura orgánica y funcional de Fenin se vertebra en dos niveles:
Órganos de Gobierno (Asamblea General, Junta Directiva, Comité Ejecutivo y Presidencia), de carácter decisorio.
Organización Ejecutiva, de gestión técnica, dirigida por la Secretaría General, que cuenta con una sólida estructura profesional, que estudia, coordina y gestiona todas las actividades y servicios que ofrece a las empresas asociadas.
La estructura territorial: aunque Fenin tiene su sede central en Madrid, también cuenta con delegaciones territoriales con sede y estructura orgánica propias, como es el caso de Cataluña, y otras sin sede, en las que un miembro de la Junta Directiva asume la representatividad de los intereses de la Federación en esa Comunidad Autónoma (Andalucía, Valencia y Galicia).
